У Чарли есть два брата и сестра: Эмилио Эстевез, Рамон Эстевез, Рене Эстевез. Все они актеры.
Отец Чарли — актер Мартин Шин.
17 ноября 2015 года во время прямого эфира в «Today Show» канала NBC актёр подтвердил свой положительный ВИЧ-статус. По его словам, он выплатил свыше $10 млн шантажистам, чтобы держать эту информацию в секрете.
Его первый фильм с Джорджем Клуни так и не вышел в прокат из-за финансовых проблем.
Чарли был арестован по обвинению в нападении на женщину в своем доме в Агаура, штат Калифорния.