В 1990 году Гарнер окончила школу имени Джорджа Вашингтона в Чарлстоне и поступила в университет Денисона, чтобы изучать химию.
Её мать — Патрисия Энн Инглиш — учительница, а отец — Билли Джек Гарнер — инженер-химик; у Дженнифер есть две сестры: Меллиса Гарнер-Уайли и Сюзанна Гарнер-Карпентер.
У Дженнифер трое детей: дочери Вайолет Энн Аффлек (01.12.05) и Серафина Роуз Элизабет Аффлек (06.01.09), а также сын Сэмюэль Гарнер Аффлек (27.02.2012).
В три года Гарнер начала брать уроки балета, которым занималась на протяжении всего детства. И хотя ей, по её собственным словам, и нравилось танцевать, она никогда не думала о том, чтобы стать классической балериной.
Известно, что Гарнер сама исполняет трюки, так в январе 2005 года она пропустила часть рекламных акций фильма «Электра», поскольку повредила спину на съёмках сериала «Шпионка».