У Джиллиан Андерсон трое детей: дочь Пайпер Мару Клотц (25.09.94) от её второго брака с Клайдом Клотцом; сыновья — Оскар Гриффитс (01.11.06) и Феликс Гриффитс (15.10.08) от её гражданского брака с Марком Гриффитсом.
Настоящую популярность и славу Андерсон приобрела после выхода первых серий Секретных Материалов, осенью 1993 года.
В детстве Джиллиан мечтала стать биологом.
Озвучивала бортовой компьютер корабля в игре 1996 года Hellbender.
В старших классах ее называли «Клоун класса» и «Самая чудаковатая девушка».