Родился в семье итало-американца и еврейки. В 1978 году мать Джона — Мадлен Фавро умерла от лейкемии.
Полное имя — Jonathan Kolia Favreau.
В 1984 году, окончив среднюю школу Бронкса, Джонатан поступает в Квинс-колледж, который бросает три года спустя. Поработав чуть менее года в компании «Bear Stearns», в 1988 году Джонатан возвращается назад в колледж. Однако на этот раз его хватает всего на один семестр, после чего он в очередной раз покидает колледж. Для получения аттестата ему не хватило всего нескольких зачетов.