Дети от Николетты Пейран: дочь Амадин (1990 г.р.) и сын Лори (1992 г.р.).
Полное имя — Джон Гэвин Малкович (John Gavin Malkovich).
Его родителями были Дэниел и Джо Энн Малковичи, хорваты по происхождению.
Выбрав профессию биолога (эколога), Джон успешно окончил Университет штата Иллинойс.