Вырос в Чикаго.
В 1994 году закончил Академию Лойолы в Иллинойсе, а в 1999 — Джорджтаунский университет в Вашингтоне.
В 1994 году окончил Академию Лойолы (Loyola University Chicago), а в 1999 — Джорджтаунский университет (Georgetown University).
Джонатан является родным братом режиссера Кристофера Нолана.
Младший брат режиссера Кристофера Нолана.