Полное имя — Элисон Ли Хэннигэн (Alyson Lee Hannigan).
У Элисон Хэнниган есть две дочери от брака с Алексисом Денисоф — Сатьяна Мари Денисоф (Satyana Marie Denisof) (род.24.03.2009) и Кива Джейн Денисоф (Keeva Jane Denisof) (род.23.05.2012).
Её родители развелись, когда Элисон исполнилось 2 года.
У Элисон три татуировки: японский иероглиф «счастье», дельфины (на правой щиколотке) и черепаха (на левой щиколотке).