Мартин Шин является отцом Эмилио.
Брат Эмилио — Чарли Шин, известный актёр.
В фильме «Клуб «Завтрак» (1985) Эмилио изначально должен был сыграть Бендера, но Джон Хьюз не смог найти подходящего кандидата на роль Эндрю Кларка, поэтому Эмилио сыграл Кларка, а роль Бендера досталась Джадду Нельсону.
У Эмилио есть двое детей с экс-подругой Керри Солли: сын Тейлор Эстевес и дочь Палома Эстевес.
Окончил среднюю школу в Санта Монике.