Эндрю — левша.
Эндрю Скотт — средний ребенок в семье. У него есть сестры Сара и Ханна.
Эндрю окончил католическую среднюю школу для мальчиков Gonzaga College в Дублине (Ирландия), из-за начавшейся актерской карьеры в национальном ирландском Театре Аббатства в Дублине (Ирландия) он не закончил обучение в Тринити-колледже, входящем в состав Дублинского университета.
Его отец, Джим, работал в бюро по трудоустройству, а мать, Нора, была преподавателем искусства в средней школе.
В интервью британской газете «The Independent» от 15 ноября 2013 года Эндрю заявил, что он — гей.