В 1943-м году насильно была помещена в психиатрическую клинику. Следующие семь лет Фармер провела в учреждениях для душевнобольных.
19 октября 1942 года полиция Санта-Моники задержала Фрэнсис Фармер за езду в нетрезвом виде, а также за последовавшее оскорбление правоохранительных органов. Она была на сутки взята под арест, а затем приговорена к штрафу в $500 и 180-дневному тюремному заключению. Фармер тут же заплатила $250 и была условно освобождена.
