У Марка и Санрайз есть трое детей: сын и две дочери — Кин Руффало (род. в июне 2001), Белла Нач Руффало (род. в мае 2005) и Одетт Руффало (20.10.07).
Марк Руффало — вегетарианец.
В 2002 году Марку был поставлен диагноз — опухоль головного мозга. Операция прошла успешно, и актер вернулся к нормальной жизни и работе.
Полное имя — Марк Алан Руффало (Mark Alan Ruffalo).