Меган — дочь актёра Нильса Аллена Стюарта.
У неё японские, китайские, корейские корни со стороны матери и шотландские, русские и индейские корни со стороны отца.
У Меган есть двое младших сестёр по имени Фивель Стюарт (актриса) и Сейдж, также у неё есть младший брат по имени Бу Бу Стюарт (актёр).