Стоун родился в семье у Шейлы Луис (урождённой Беласко, англ. Sheila Lois / Belasco) и Джеральда Уитни Стоуна (англ. Gerald Whitney Stone), профессора экономики.
Стоун по взглядам — либертарианец, хотя чуть ранее был зарегистрирован в качестве члена Республиканской партии США, что послужило одной из причин появления популярного в начале 2000-х термина «Саут-Парк-республиканец».
Мать Стоуна была еврейкой (из сефардов), а у его отца были ирландские корни. В итоге в религиозном плане Стоун стал агностиком, однако осознающим себя евреем по национальности.