В 1941 году Николай Григорьевич добровольцем ушел на фронт. Во время одного из боев попал в плен, откуда ему удалось бежать. После окончания войны Елизаров продолжил работу в ЦТСА, но уже 10 января 1950 года был арестован и осужден по 58-й статье за антисоветскую пропаганду на десять лет лагерей. Отбывал срок в Кемеровской области. 8 октября 1955 года освобожден, 12 сентября 1956 года реабилитирован.