Саманта Мортон родилась в городе Ноттингем (Англия) в семье работницы завода Памелы и Питера Мортона — поэта и члена Социалистической рабочей партии.
У Саманты Мортон есть две дочери от фильммейкера Гарри Холма.
В марте 2008 года в своём интервью Саманта рассказала, что в начале 2006 года она перенесла тяжёлую травму головы, вызвавшую частичный паралич и потерю зрения. После травмы последовал длительный период реабилитации, во время которого Саманте пришлось заново учиться ходить и говорить.
Полное имя — Саманта-Джейн Мортон.
У Саманты Мортон есть две дочери — Эсми Крид-Майлз (олд.05.02.2000) от гражданского брака с Чарли Крид-Майлз и Эди Холм (род.04.01.2008) от гражданского брака с Гарри Холм.