Сергей Минаев женат, в браке с 1992 года. С женой Алёной, бывшей актрисой, познакомился, когда она работала в музыкальном коллективе Владимира Маркина. (Сергей Минаев и Владимир Маркин являются свояками, поскольку их жёны — сёстры.) Сын — Сергей (1995 г.р.)