В 2006 году ей был диагностирован рак молочной железы, который она победила.
Полное имя — Синтия Эллен Никсон (Cynthia Ellen Nixon).
Единственный ребёнок в семье, Синтия была отдана после развода родителей на воспитание жизнелюбивой и уверенной в себе маме.
У Синтии Никсон есть трое детей: дочь Саманта Мозес (род. в ноябре 1996) и сын Чарльз Эзекил Мозес (16.12.02) от гражданского брака с Дэнни Мозесом; сын Макс Эллингтон Никсон-Мариони (07.02.11) от гражданского брака с Кристин Мариони, рождённый Мариони.