После поражения их старейшего врага Шредера, семья черепашек распалась. Кроме борьбы за единство семьи их сенсей Сплинтер обеспокоен еще и тем, что в Нью-Йорке происходит что-то странное. Техноиндустриалист Максимилиан Уинтерс готовит армию древних монстров, остановить которую сможет только суперкоманда бойцов ниндзя — Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль. Вместе со своими прежними соратниками Эйприл О`Нил и Кейси Джонсом Черепашки снова сражаются за свои жизни, им снова предстоит противостоять таинственному клану Фут, поставившему свои собственные способности ниндзя на службу интересам Уинтера.