Одержав в 1600 году ключевую победу при Секигахаре, Токугава, фактически ставший единоличным правителем Японии, решает окончательно раздавить клан покойного Тойотоми. Для этого он начинает осаду могучей крепости Осака, где укрывались вдова и сын Хидейоши Тойотоми.
Узнав, что генералу Юкимуре удалось бежать из осаждённой крепости Осака, Иясу Токугава приходит в бешенство и назначает огромную награду за его голову. Вскоре ему докладывают об обнаружении лодки с тремя беглецами из города. Ниндзя Иясу немедленно получают приказ дождаться темноты и атаковать лодку.
Мечты Иясу Токугавы наконец-то осуществились — он и его сын-сёгун Хидетада стали абсолютными властителями Японии. Но не все готовы смириться с таким положением дел, в частности последний оппозиционный клан ниндзя не оставляет попыток убить Иясу в его крепости Санпу.
Выслеживая таинственного убийцу, молодой ниндзя Коджиро оказывается в городе Кай и случайно встречает человека с оружием, подозрительно похожим на то, которым много лет назад был убит его отец.
Перед смертью Сайзу успевать сообщить своей дочери Юри, что она была усыновлена и на самом деле является дочерью мятежного правителя Юкимуры. Сын Сайзу клянётся защищать сводную сестру-принцессу и впоследствии примыкает к повстанцам, ставящим целю пошатнуть могущество сегуната Токугава.
Опасающийся за свою жизнь Ода Нобунага решает уничтожить всех ниндзя в округе. Его подчинённые нападает на лесной дом Исикавы. Тому удаётся спастись самому и спасти жену, но их сын погибает в огне. Беглец Исикава находит прибежище в клане Сайга и, желая отомстить Нобунаге, начинает обучать воинов клана искусству ниндзюцу.
