История начинается с таинственного исчезновения частного детектива Гарри Гудмана, расследовать которое предстоит его 21-летнему сыну Тиму. Помощь в расследовании ему окажет бывший партнер отца, болтливый детектив Пикачу, который является загадкой даже для себя самого. Обнаружив, что они каким-то фантастическим образом способны общаться друг с другом, Тим и Пикачу отправляются за уликами по неоновым улицам Райм Сити — современного разросшегося мегаполиса, где люди и покемоны живут бок о бок. Парочка встречают самых разнообразных покемонов и раскрывают ужасный заговор, который способен разрушить это мирное сосуществование и стать угрозой для всей вселенной покемонов.