Мутанты продолжают борьбу против общества, которое страшит их, и которому они не доверяют. Их положение становится еще более отчаянным, когда они подвергаются мощной атаке неизвестного противника, обладающего экстраординарными способностями.
Внезапное нападение снова становится причиной политического и общественного резонанса по поводу введения повсеместной регистрации мутантов и причиной образования движения против мутантов, возглавляемого Уильямом Страйкером, бывшим военным, который, по слухам, проводил опыты над мутантами.
После многих битв, великих побед и горьких неудач группа профессора Ксавьера рассеялась. Но вот очередной тревожный сигнал приходит из Японии, и краткое расследование показывает, что беда грозит не отдельным лицам, а судьбам мира. А это значит, что Циклопу, Шторм, Зверю и Росомахе пора вновь садиться в иксоплан и лететь на острова, в район Тохоку, где они нужнее всего. За исчезновением юной мутантки Хисако просматриваются корни куда более зловещего заговора.
Они — дети атомного века, сверхлюди, новое звено в цепи эволюции. Каждый из них был рождён в результате уникальной генетической мутации, наделившей их с детства необыкновенными способностями. Под руководством профессора Чарльза Ксавьера, телепата с мировым именем, одарённые ученики научились контролировать и управлять своими удивительными способностями в интересах человечества.
Но не все мутанты разделяют взгляды профессора: могущественный мутант Магнето, которому подвластны все металлы, собрал команду единомышленников. Он не верит, что люди и мутанты когда-либо смогут мирно сосуществовать. Они разработали план, чтобы осуществить захват власти над миром, и тогда, только ученики профессора Ксавьера смогут защитить этот мир…
