Добравшись до Великого храма времени, члены тайной организации Chaldea готовятся к решающей битве с королём магов Соломоном, чтобы защитить человечество и уничтожить главный источник зла.
После третьей магической войны священная реликвия Святой Грааль таинственным образом исчезает. Много лет спустя клан Иггдмиллениа объявляет, что Святой Грааль теперь находится в их владении, и они намерены покинуть Лигу магов. Назревает новый масштабный конфликт.
Простой японский подросток Сиро Эмия жил-поживал в родном городке Фуюки и вдруг оказался втянут в войну каких-то Мастеров-магов за Святой Грааль. С одной стороны, магом парень был средненьким, и шансы выжить выглядели неважно. Но ведь старуха с косой где-то там, а собственный боец — белокурая красавица Сэйбер — уже здесь, и общаться с ней куда приятнее! Да и королева школы Рин Тосака внезапно оказалась коллегой-Мастером и мировой девчонкой, а что ее слуга Арчер — на редкость вредный тип, так можно и потерпеть.
Конечно, главный приз Сиро был не нужен, убивать кого-то он категорически не хотел, но «на войне, как на войне». Что нельзя предотвратить — нужно возглавить, вот наш герой и подписался на Грааль.
Двум магам поручено найти и извлечь семь древних артефактов, содержащих жизненную сущность легендарных духов. Для облегчения задачи магический совет дарует им особые волшебные жезлы, которые позволяют превращаться в воительниц и усиливать свои способности. Однако маги находятся далеко не в лучших отношениях, и после очередной ссоры магические жезлы покидают их, чтобы найти новых хозяев. Их выбор падает на двух современных школьниц.
После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Вырос 16-летний парень добрым, работящим и хозяйственным, потому был окружен заботой и вниманием сразу двух девушек — младшей школьной подруги Сакуры Мато и учительницы Тайги Фудзимуры, формально — опекуна, на деле — скорее старшей сестры. Все рухнуло, когда Сиро узнал, что родной город Фуюки — арена магической битвы за Святой Грааль, которая повторяется раз в несколько поколений. Вот только мир ускоряется, в итоге с последней войны прошло всего 10 лет — и уже пришла пора новой.
Согласно древним законам, «королевскую битву» ведут семь Мастеров-магов, каждый из которых вызывает Слугу — одного из вечных героев ушедших или будущих эпох. Последний оставшийся Мастер получает Грааль — величайшее сокровище, которое выполняет любое желание. Правил нет, цель оправдывает средства, вчерашний друг может оказаться соперником и без раздумий предать, ударить в спину. Узнав правду, Сиро становится перед тяжким выбором — уйти, отказаться от борьбы или рискнуть и поставить на карту все — невеликий (так он думает) магический дар, горячее сердце, отчаянное желание спасти всех, кто ему дорог. Но последней каплей на чаше весов чести и мужества станут зеленые глаза из далекого прошлого, засиявшие той самой ночью.
