Добравшись до Великого храма времени, члены тайной организации Chaldea готовятся к решающей битве с королём магов Соломоном, чтобы защитить человечество и уничтожить главный источник зла.
Война за Святой Грааль в самом разгаре. Сакура Мато, будучи не в силах выдержать собственные грехи, обращается в тень. А Сиро Эмия готов защищать её до последнего. Даже сейчас, когда он знает правду, юноша всё равно собирается идти до конца в своём «правосудии». Вместе с Рин Тосакой он решает закончить войну за Святой Грааль.
Война за Святой Грааль — невероятное сражение, где маги и призванные ими герои прошлого сражаются насмерть за исполнение одного-единственного желания.
Положению Сиро Эмии не позавидуешь: в ход Войны вмешивается таинственное существо в маске, а Слуга Сэйбер, его верная соратница, исчезла. Войну можно считать проигранной, но он не может просто сдаться — ведь битва магов подвергает опасности жизни обычных людей. Тем временем свой ход делает Дзокэн Мато, маг, который до этого наблюдал за Войной со стороны.
Так продолжается история искажённой, безумной, неправильной Войны за Святой Грааль, с которой неразрывно связана судьба Сакуры Мато.
После третьей магической войны священная реликвия Святой Грааль таинственным образом исчезает. Много лет спустя клан Иггдмиллениа объявляет, что Святой Грааль теперь находится в их владении, и они намерены покинуть Лигу магов. Назревает новый масштабный конфликт.
Двум магам поручено найти и извлечь семь древних артефактов, содержащих жизненную сущность легендарных духов. Для облегчения задачи магический совет дарует им особые волшебные жезлы, которые позволяют превращаться в воительниц и усиливать свои способности. Однако маги находятся далеко не в лучших отношениях, и после очередной ссоры магические жезлы покидают их, чтобы найти новых хозяев. Их выбор падает на двух современных школьниц.
