В фильме рассказывается о мальчике по имени Шуго, который хотя и давно увлекается карточной игрой, но боится играть с другими из-за страха перед проигрышем. Однако однажды удача улыбнулась ему, и ему достаётся супер-редкая карта Red Eyes Black Dragon. Между тем о том, что он получил карту, узнаёт Кайба. И организовывает турнир, победители в котором имеют право забрать одну карту у проигрывшего. Его цель карта Red Eyes Black Dragon.
Давным-давно, когда пирамиды были ещё молоды, правители Египта забавлялись тем, что устраивали между собой магические поединки, которые получили название «Игры теней». Это привело к освобождению огромной тёмной энергии, способной уничтожить весь мир. Тогда могущественный фараон заточил эту силу внутри таинственных «Тысячелетних артефактов» ценой своей жизни и шести жрецов. Прошло 3000 лет. Весь мир увлечён «Duel Monsters», карточной игрой с использованием компьютерных технологий, аналог «Игр теней». Школьник Юги Муто является лучшим игроком, но мало кто знает его тайну. Он сумел собрать «Тысячелетнюю головоломку» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка…
