Полное имя — Нэйтан Кристофер Филлион (Nathan Christopher Fillion).
Среди его предков также числятся франкоканадцы и ирландцы.
Его родители, Куки и Боб Филлион, являются отставными учителями английского.
У Нэйтана есть старший брат Джефф.
Нэйтан соучредитель организации «Kids Need to Read», которая борется за ликвидацию детской безграмотности.