У Шона есть два приемных ребенка: Софи Роуз (2007) и Лиам Ксавье (2010).
Шон имеет ирландские корни.
Шон окончил среднюю школу Byram Hills High School в Армонке (Нью-Йорк) и в 1997 году театральный факультет Нью-Йоркского университета со степенью бакалавра.
Шон родился в семье Маргарет (Margaret) и Джозефа Маэр (Joseph Maher), отец — владелец похоронного бюро, мама — бывшая медсестра, у Шона есть родные старшая сестра и младший брат.
Шон Маэр — открытый гей.